Die Kirche Santa María befindet sich im Zentrum von Gernika, in der Nähe des Versammlungshauses. In dem im 15. Jahrhundert erbauten religiösen Gebäude werden verschiedene Baustile wie Gotik und Renaissance kombiniert. Die aus Stein und Mauerwerk gebaute Kirche umfasst drei Schiffe mit Halbkuppeln und ein gotisches Kreuzbogengewölbe des kantabrischen Steinmetzes Antonio Ortiz. Sie erhebt sich auf acht eleganten klassischen Säulen. Im Inneren gibt es einen exquisiten Renaissance-Chor. Außerdem besitzt sie eine Walcker-Orgel von 1889 und ein schönes Glockenspiel im dreiteiligen Barockglockenturm aus dem Jahr 1775. Interessant ist die Struktur aus Pfosten und Archivolten mit geschnitzten Bildern von Heiligen, die den Eingang umgeben. Laut dem Zitat über dem Portal „Myll et cccc et IXL años Sanch I o de enparan“ war im Jahr 1449 der Baumeister Sancho de Emparan für den Bau verantwortlich.